Hovedbehandlingen av matallergi er gjennom kostbehandling å unngå eksponering for aktuelle matvarer. Pasientene må også ha kunnskap om hvordan de skal behandle eventuelle allergiske reaksjoner og få utskrevet nødvendige medisiner til dette. De senere år har allergenspesifikk immunterapi kommet opp som en mulig behandlingsform ved matallergi, men foreløpig er ikke dette en behandling som er klar for rutinemessig bruk.

Målene for kostbehandlingen ved matallergi er:

1. Å forebygge allergiske reaksjoner gjennom tilstrekkelig allergeneliminasjon
2. Å sikre optimal ernæring innenfor de rammene allergien gir

Næringsstoffene de eliminerte matvarene normalt bidrar med i kosten, må tilføres på andre måter. Det må gis råd om ernæringsmessig gode alternativer og oppfølging for å sikre at disse blir akseptert og innlemmet i kostholdet. Barns vekt og høyde skal måles ved hver kontroll og plottes på vekstkurver.