Allergen immunterapi protokollen er arbeidsdokumentet ved SCIT. Den er et bilag til pasientjournalen hvor alle relevante opplysninger av betydning for behandlingen er samlet.

Forslag til utforming av en papirbasert allergen immunterapi protokoll er vedlagt. Denne kan kopieres opp, festes sammen og benyttes som journal for den enkelte pasient. En slik håndfast journal over fremdriften i behandlingen kan være nyttig for eksempel ved at pasienten kan få den med seg ved skifte av behandler. Imidlertid må den uansett skannes inn i pasientens elektroniske journal, og protokollen i papirform må behandles som annen informasjon med mulig sensitivt innhold, og destrueres senest når behandlingen er ferdig.

I DIPS elektronisk pasientjournal foreligger en digital versjon av en allergen immunterapi protokoll.