Cøliaki kan være lett å diagnostisere, men det forekommer tvilstilfeller hvor man må sammenholde både sykehistorie, klinikk, serologi, vevstyping og biopsisvar for å nærme seg en diagnose.

Immunhistokjemisk analyse av tynntarmsbiopsien

Noen patologiske laboratorier utfører immunhistokjemisk analyse på tynntarmsbiopsier
ved mistanke om cøliaki, eventuelt kun på bestilling (må sendes på eget fiksativ, ikke formalin).
Det er særlig ved diagnostisk tvil at det er viktig å kunne angi om det er en økning av de intraepiteliale gamma-delta T-cellene, som er kraftig økt ved cøliaki, inkludert etter morfologisk normalisering av tarmen på glutenfri kost. Pasienter som spiser lite eller ingen glutenproteiner eller de med latent cøliaki vil oftest ha en kraftig økning av intraepiteliale gamma-delta T-celler i en ellers upåfallende tarm som eneste tegn på en cøliakisk immunreaksjon.