Ved spørsmål om vaksinering av pasienter med immunsvikt er det to hensyn som må tas: Vaksinen må ikke skade pasienten.  Vaksinen bør være effektiv (gi en immunrespons). Enkelte vaksiner er særlig viktige å gi ved en del immunsvikt tilstander.

Ved defekter i det innate immunsystemet

Pasienter med komplement- og fagocyttdefekter samt mukocutan candidiasis og normal cellulær immunitet bør vaksineres med alle vaksiner i barnevaksinasjonsprogrammet, inkludert de levende vaksinene som inngår i det.
Komplementdefekter kan gi infeksjon med S. pneumoniae, H. influenzae og N. meningitidis. De tilgjengelige vaksinene mot disse mikroorganismene inneholder imidlertid ikke alle serotypene som pasientene burde beskyttes mot.

I Norge anvendes nå en 13-valent konjugatvaksine (Prevenar^®) , og hos voksne og barn over 2 år bør vaksinasjon med denne følges opp av vaksinasjon med den 23-valente polysakkaridvaksinen (Pneumovax^®). Ved vaksinering av PID pasienter kan man gi 2 doser konjugatvaksine med 1-2 måneders mellomrom og deretter 1 dose polysakkaridvaksine. Videre boosterdoser hvert 5te år med konjugatvaksine.

H. influenzae type b-vaksinen beskytter kun mot type b og er viktig for alle med PID. Vaksinen beskytter imidlertid ikke mot ikke-kapselkledte H. influenzae typer ofte som ofte forårsaker luftveisinfeksjon hos  immunkompromiterte pasienter.

Meningokokksykdom ses spesielt hos pasienter med faktor C5–C9- og properdindefekter, og disse pasientene bør vaksineres både med konjugatvaksine og den tetravalente meningokokkvaksinen mot gruppe A, C, W135 og Y, men disse beskytter ikke mot gruppe B. Pasienter med komplementdefekter bør vaksineres hvert 3. år, siden den primære antistoffresponsen er svak og antistofftitrene synker raskere enn hos normale personer.

Ved defekter i Toll-lignende reseptor- (TLR) signalering (TLR3, NEMO, IRAK4) i IFNγ-reseptor 1/2, IL-12/23 reseptor, IL12-p40, STAT1 defekter skal levende svekkede vaksiner ikke gis, og spesielt da BCG vaksiner. Ved CGD skal BCG ikke gis, også andre levende bakterievaksiner bør unngås.

Ved defekter i det adaptive immunsystemet

Hos pasienter med defekter i det ervervede immunsystemet kan vaksinasjon være verdiløs og til og med kontraindisert. Levende virusvaksiner må ikke gis ved alvorlig kombinerte immunsvikter og ved T-lymfocyttdefekter. Levende, svekkede virusvaksiner kan imidlertid brukes hos voksne pasienter med CD4-celletall > 400 celler/mikroliter (barn under 5 år med CD4-andel > 15 % og normalt lymfocyttall), og de kan også brukes ved selektiv IgA-mangel, IgG-subklassesvikt, og komplementsvikt. Rotavirusvaksine bør ikke gis til husstandsmedlemmer av pasienter med alvorlig T celle defekt. Før vaksinering av nyfødte med levende svekkede vaksiner (e.g. BCG og rotavirus) bør man vurdere å kvantitere T celler hos barnet.
Pasienter med hypogammaglobulinemi kan ha varierende restfunksjon av antistoffproduksjon. Betydningen av cellemediert vaksinerespons er ukjent men skal ikke undervurderes. Vaksinering med inaktiverte og proteinvaksiner kan derfor ha en viss effekt. Husk å ta serumprøve til vurdering av antistoffer før substitusjonsbehandling.
Det er også viktig at pasientens nærmeste omgivelser er gjennomvaksinert, dog ikke med levende svekkede vaksiner (pga risiko for spredning til den immunsvekkede)
Der det er klinisk relevant kan vaksinerespons for enkelte vaksiner utføres ikke bare i terapeutisk men også i diagnostisk øyemed (dog ikke hos pasienter som behandles med immunglobuliner).